Это «суд высшей инстанции, полномочный решать вопрос о конституционности любого закона, правительственного и ведомственного указа, правил или распоряжения» (Конституция Японии, ст. 81).
Он наделён «полномочиями устанавливать правила судопроизводства, адвокатуры, внутреннего распорядка в судах, а также правила управления делами судебных органов» (статья 77 Конституции), устанавливает правила для прокуроров (там же); предлагает Кабинету список лиц для назначения судей судов низших инстанций (статья 80).
Суд заседает либо в Большой коллегии (пленарное заседание, все 15 судей) или в одной из Малых (по 5 судей). Только Большая коллегия имеет полномочия конституционного суда отменять любые законодательные нормы как противоречащие Конституции. На практике она пользуется этим правилом (и вообще собирается) редко. К 2009 году, за 60 с лишним лет после реформирования, суд отменил как неконституционные лишь 8 актов. Суд избегает рассматривать политически острые вопросы.